أحمد شمس جزاك الله خيرًا أحمد، ملاحظتك صحيحة.
السبب تقنيًا أن الخط الشمرلي داخل الـ PDF مكوّن من Vector Paths، وبعض الحركات والنقاط وامتدادات الحروف تتجاوز الحدود الرأسية للسطر. لذلك اعتمدت معالجة محافظة لتجنب قص أي جزء من النص، وهذا أدى أحيانًا إلى اختلاف ارتفاع الصور وبقاء بعض العناصر العلوية أو السفلية.
بارك الله فيكم على المراجعة الدقيقة.